Pilates terapeutyczny bazuje na wielu dziedzinach – anatomii, w tym głównie biomechanice, na wiedzy o urazach, dolegliwościach bólowych. Obejmuje dobranie ćwiczeń do konkretnego pacjenta. Na początek zawsze konieczna jest diagnostyka – trener musi poznać pacjenta, jego problemy, to, z czym przyszedł. Diagnostyka pozwala określić, na czym pracować z daną osobą, które ćwiczenia wybrać, jak nauczyć ciało pracować poprawnie. Pilates rozumiany w ten sposób jest metodą logiczną, wręcz matematyczną i bardzo skuteczną.